Comprendre : Quelles analyses pour quels objectifs ?
Nous vous accompagnons dans le choix des analyses selon vos besoins spécifiques
Composition du microbiote
Par des approches de culture anaérobie et de métagénomique, l’étude de la composition du microbiote permet dans un échantillon : de quantifier la densité de microorganismes, mesurer la richesse (nombre de taxons), calculer l’abondance relative de chaque taxon et la diversité.
A partir de la table d’abondance construite, une comparaison des structures composant plusieurs microbiotes est réalisable par nos bioinformaticiens spécialisés en microbiologie.
Nos analyses
Microbiote bactérien
- Quantification des bactéries cultivables
- Structure et diversité des communautés bactériennes
Microbiote fongique
- Quantification des champignons cultivables
- Structure et diversité des communautés fongiques
Activité du microbiote
Au-delà de la réponse à « qui est présent », il est intéressant de comprendre quels sont les produits émanant de l’activité microbienne, éléments clés dans les interactions avec l’hôte. En fonction des substrats fermentés, les métabolites diffèrent.
Par des techniques de chromatographie, ELISA ou enzymatiques couplées à des lectures spectrophotométriques, des métabolites cibles sont dosés, marqueurs de l’activité de fermentation des glucides ou des protéines. Des produits de fermentation d’autres substrats peuvent être recherchés sur demande.
Nos analyses
Produits de fermentation des glucides
- Quantification des acides gras à chaîne courte
- Quantification du lactate
- Mesure du pH
- Quantification de produits intermédiaire de la fermentation
Produits de fermentation des protéines
- Quantification des acides gras à chaîne ramifiée
- Quantification de l’ammoniac
- Mesure du pH
- Quantification des amines biogéniques et composés phénoliques
Fonctions microbiennes
A partir d’analyses du métagénome, il est possible de détecter des gènes impliqués dans des fonctions. Toutefois, l’expression des gènes reste putative, de même que l’intensité de la fonction à laquelle ils contribuent.
Dans l’objectif de caractériser les fonctions réellement exprimées par un microbiote et leur intensité, plusieurs techniques sont mises en œuvre nécessitant une maîtrise de la microbiologie anaérobie : culture sélective de microorganismes, mesure de débit pour réaliser une tâche, dosage réel d’enzymes produites. Ces approches fonctionnelles réelles peuvent être mises au regard des approches fonctionnelles putatives, basées sur l’analyse du génome.
Sur l’exemple de l’analyse fonctionnelle poussée de la fonction cellulolytique, d’autres fonctions peuvent être investiguées : hémicellulolytique, amylolytique, protéolytique, etc.
Nos analyses
Communautés fonctionnelles clés
- Dénombrement des bactéries totales cultivables
- Dénombrement des bactéries
- Dénombrement des bactéries protéolytiques cultivables
Analyse fonctionnelle poussée – Exemple de la fonction cellulolytique
- Dénombrement des bactéries cellulolytiques
- Dosage d’enzymes microbiennes (CMCase, cellobiosidase)
- Mesure de la puissance cellulolytique du microbiote
- Mesure de l’abondance relative des taxons bactériens cellulolytiques
- Quantification des gènes CAZymes cellulolytiques
Interactions microbiote-hôte
Afin de relier les modifications dans la composition, l’activité, les fonctions du microbiote et les problèmes de santé liés aux dysbioses, des marqueurs sont recherchés. A partir d’échantillons de selles, nous investiguons la santé de l’épithélium et les causes potentielles de pathogénicité du microbiote.
Des analyses sur d’autres matrices sont possibles sur demande.
Nos analyses
Santé de l’épithélium
- Dosage de la calprotecine
- Dosage de la lipocaline
- Dosage des SIgA
- Mesure de l’abondance relative des taxons « butyrate-producers »
- Quantification des gènes « butyrate metabolism »
Pathogénicité potentielle
- Dosage de lipopolysaccharides
- Mesure de l’abondance relative de taxons pathogènes
- Recherche ciblée de gènes pathogènes
- Quantification de toxines microbiennes